Balai Kesehatan Indera Masyarakat (BKIM) Provinsi Jawa Tengah pada awalnya adalah sebuah Balai Pengobatan khusus mata yang berdiri sejak tahun 1988. Balai pengobatan ini dikenal masyarakat dengan nama BP Mata Bendungan, beralamat di Jl. Dr. Soetomo No. 4 Semarang, yang merupakan penggabungan dari Unit Mata Kantor Wilayah Departemen Kesehatan Provinsi Jawa Tengah dengan Seksi Mata Dinas Kesehatan Provinsi Jawa Tengah yang melayani masyarakat di bidang kesehatan mata.

Pada tanggal 6 Mei 1994 berdasarkan SK Menteri Kesehatan RI No.434/Menkes/SK/VI/1993 melembaga menjadi Balai Kesehatan Mata Masyarakat (BKMM) Jawa Tengah diresmikan oleh Dirjen Binkesmas Departemen Kesehatan RI. BKMM menjadi Unit Pelaksana Teknis di bidang Kesehatan Mata di lingkungan Direktorat Jenderal Pembinaan Kesehatan Masyarakat yang bertugas melaksanakan Upaya Penanggulangan Penyakit Mata secara menyeluruh beserta system rujukannya dengan berorientasi kepada masyarakat dan kelayakan kemampuan ekonominya. Pada tahun 1999 BKMM pindah gedung baru yang beralamat di Jl. KH. Ahmad Dahlan No.39 Semarang.

Dengan adanya kebijakan Pemerintah Pusat No. 22 Tahun 199 tentang Pemerintah Daerah dan Peraturan Pemerintah No.25 tahun 2000 tentang Kewenangan Pemerintah dan Kewenangan Provinsi, sebagai daerah otonom Kanwil Depkes Provinsi Jawa Tengah melebur dengan Dinas Kesehatan Provinsi Jawa Tengah, sehingga BKMM beralih status menjadi Unit Pelaksana Teknis (UPT) Dinas Kesehatan Provinsi Jawa Tengah. Diharapkan penyerahan pengelolaan BKMM ke Pemerintah daerah mampu menjawab berbagai permasalahan secara konkret, berdasarkan kebutuhan dan tuntutan masyarakat.

Pada tahun 2002 berdasarkan Peraturan Daerah Provinsi Jawa Tengah No. 1 Tahun 2002 tentang Pembentukan, Kedudukan, Tugas Pokok, Fungsi, dan Susunan Organisasi, BKMM berubah nama menjadi BKIM (Balai Kesehatan Indera Masyarakat) Semarang mempunyai tugas pokok dan fungsi tidak saja melayani kesehatan mata tetapi juga melayani kesehatan telinga, hidung dan tenggorokan sampai dengan saat ini.

Pembentukan susunan organisasi dan tata kerja perangkat daerah termasuk kelembagaan Balai Kesehatan Indera Masyarakat yang selanjutnya disebut BKIM diatur dalam Peraturan Gubernur Jawa Tengah No. 42 Tahun 2008.
Sejak berdiri sampai dengan sekarang BKIM telah mengalami beberapa kali pergantian pimpinan, diantaranya sebagai berikut:

Tahun 1994-1997                    : dr. Achmad Ghozi, SpM.
Tahun 1997-2001                    : dr. Siti Wahyuni, SpM.
Tahun 2001-2002                    : dr. Kus Sularso, MPH. (plt)
Tahun 2002-2003                    : dr. Kurnia Rosyida, SpM. (plt)
Tahun 2003-2008                    : dr. NP Indra Kusuma
Tahun 2008-2014                    : drg.Ninuk Sumaryati, M.Kes.
Tahun 2015-2016                    : dr. Sri Purwani B
Tahun 2017-2018                    : dr. Wahyu Setianingsih
Tahun 2018-sekarang            : dr. A.A. Sg. Sri Rika Puniawati